L'arteria pudendo interna si dirama dall'arteria iliaca interna e trasporta sangue ossigenato ai genitali esterni di uomini e donne. Tuttavia, a causa del sesso, ci sono alcune differenze anatomiche.
L'arteria tende ad essere più piccola nelle donne. Inoltre, alcuni dei rami dell'arteria sono specifici del sesso. Nei maschi, i rami di questa arteria includono l'arteria dorsale e profonda del pene, mentre le femmine hanno un'arteria dorsale e profonda del clitoride. Le donne hanno rami labiali posteriori, mentre gli uomini hanno rami scrotali. Ci sono anche altri vasi da questa arteria specifici per i genitali.
Le arterie rettali e perineali inferiori che si diramano dall'arteria pudendo interna sono le stesse in entrambi i sessi.